Die Gesamtkosten für Transporte mit dem Schiff setzen sich zusammen aus der Seefrachtrate, den Hafenkosten, den Kosten für Auslieferung und Drop-Off sowie den Verzollungskosten.

Reedereien legen die Seefrachtraten für jede Route und Containergröße fest. Nebenkosten sind darin enthalten. Meist sind die Raten für einen laufenden Monat gültig und werden immer wieder dem Markt angepasst. Für Komplettladungen (FCL) bieten die meisten Speditionen Festbeträge an, sofern die Güter ein vorgegebenes Maximalgewicht nicht übersteigen. Wer keinen Container voll bekommt, kann auch Teilladungen versenden (LCL). Die Berechnung der Frachtkosten geschieht anteilig über das Volumen oder das Gewicht der Ware. Ob das Maß in Kubikmetern oder das Gewicht in Frachttonnen zugrunde gelegt wird, hängt vom Gut ab. Da zum Beispiel zehn Kubikmeter Stahl mehr wiegen als zehn Kubikmeter Schwämme, muss diese Differenz beim Frachtkosten-Berechnen berücksichtigt werden. Es wird immer der größere Wert verrechnet, um die Frachtkosten zu ermitteln.

Für die Entladung der Container vom Schiff auf das Hafenterminal sowie dem dazugehörigen Umschlag fallen Hafenkosten an. Manchmal werden diese auch als Terminal Handling Charges bezeichnet. In der Regel sind diese Kosten für alle Containergrößen gleich, weshalb große Container im Verhältnis günstiger verschifft werden als kleine.

Nach der Entladung eines Containers muss er der Reederei zurückgegeben werden. Für das Handling im Depot entstehen die Drop-Off-Kosten.