Trotz ihrer Vorteile ist die Bahnfracht mit verschiedenen Herausforderungen konfrontiert. Ein zentrales Problem stellt die geringe Netzabdeckung in manchen Regionen dar. Gerade in ländlichen Gebieten oder außerhalb industrieller Ballungsräume fehlt oft ein direkter Gleisanschluss. Dies erfordert zusätzliche Vor- und Nachläufe per Lkw, was die Effizienz reduziert.

Ein weiterer limitierender Faktor ist die eingeschränkte Flexibilität. Während Lkw-Transporte kurzfristig disponiert und auf wechselnde Anforderungen angepasst werden können, ist der Schienenverkehr stärker durch Fahrpläne, Trassenverfügbarkeiten und Betriebszeiten reglementiert. Zudem sind kurzfristige Kapazitätsanpassungen schwieriger umzusetzen.

Auch die Infrastruktur stellt eine Herausforderung dar: Überlastete Knotenpunkte, Bauarbeiten oder technische Störungen können zu Verspätungen und Engpässen führen. Der Schienengüterverkehr konkurriert häufig mit dem Personenverkehr um Trassen, was die Planung zusätzlich erschwert.

Internationale Bahntransporte sind zudem mit logistischen und regulatorischen Komplexitäten verbunden. Unterschiedliche Spurweiten (z. B. zwischen Europa und Asien), abweichende technische Standards und Zollvorschriften können Übergänge erschweren und zu Verzögerungen führen.

Nicht zuletzt ist die wirtschaftliche Rentabilität abhängig von Faktoren wie Volumen, Transportdistanz und Auslastung. Für kleinere Mengen oder kurze Strecken kann der Bahntransport im Vergleich zur Straße weniger attraktiv sein. Auch die Investitionskosten für Umschlagterminals oder Gleisanschlüsse sind hoch und amortisieren sich nur langfristig.