Trotz seiner vielen Stärken steht der UN/LOCODE auch vor bestimmten Herausforderungen. Eine zentrale Problematik ist die Inkonsistenz oder Unvollständigkeit mancher Einträge. Aufgrund der Zusammenarbeit mit nationalen Behörden kann es vorkommen, dass einzelne Orte verspätet oder uneinheitlich erfasst werden. Das kann zu Abweichungen oder Interpretationsspielräumen führen – insbesondere bei neuen oder sich schnell entwickelnden Standorten.

Auch die Pflege der Datenbank ist nicht überall gleich aktuell. Zwar wird sie in regelmäßigen Intervallen veröffentlicht, aber kurzfristige Änderungen – etwa durch politische Entwicklungen, Grenzverschiebungen oder infrastrukturelle Neuerungen – können Verzögerungen verursachen. In solchen Fällen besteht das Risiko, dass veraltete Codes verwendet werden.

Ein weiteres Hindernis liegt in der Begrenzung der Zeichenlänge: Der dreistellige Ortscode bietet nur begrenzt Spielraum für Differenzierung. Dies führt dazu, dass nicht immer eine exakte Abbildung aller logistischen Standorte möglich ist, insbesondere bei Großstädten mit mehreren relevanten Umschlagplätzen.

Zudem besteht ein gewisser Einarbeitungsaufwand, insbesondere für kleinere Unternehmen oder Organisationen, die bislang nicht mit standardisierten Ortskennungen gearbeitet haben. Fehlende Schulung kann dazu führen, dass falsche Codes verwendet oder Informationen unvollständig übermittelt werden.

In der Praxis ist außerdem die Koexistenz verschiedener Codesysteme (z. B. IATA, BIC, GPS-Koordinaten) eine Herausforderung. Die Integration des UN/LOCODE in bestehende Systeme erfordert daher häufig Schnittstellen oder Mapping-Tabellen.